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生物采樣器主要依據撞擊、碰撞、過濾等機理采樣，因此可用不同的物理采集效率表征。另外人們常常重視采樣過程中收集到的微生物的數量，卻忽略了它們的生存能力，因此采樣器的相關采集效率也直接影響檢測的結果。
目前已經開發了很多種收集生物氣溶膠的采樣器：單級或多級撞擊式采樣器，離心式采樣器，液體沖擊式采樣器，過濾式采樣器，以及成熟的生物氣溶膠在線監測技術。傳統大多數采樣器允許將微生物直接采集在瓊脂介質上，便于采樣后在合適的條件下進行培養，從而來確定微生物群落。
